Kaplica pw. Bożego Narodzenia z nastawą ołtarzową w kształcie trapezu i freskami na ścianie wschodniej i zachodniej; Kaplica św. Kazimierza zwana królewską z drewnianym, kolumnowym, złoconym ołtarzem i stojącymi po bokach oryginalnymi rzeźbami królów Jana Kazimierza i Władysława IV;
i od strony północnej: Kaplica św. Piotra z nastawą otoczoną parą kolumn o korynckich głowicach i z rzeźbami świętych Piotra i Pawła; Kaplica św. Michała Archanioła; Kaplica św. Benedykta z ołtarzem w stylu klasycystycznym wykonanym w stiuku i polichromowany. Dawniej było dziesięć ołtarzy. Były jeszcze dwa ołtarze boczne św. Klary i św. Barbary oraz ołtarz Ukrzyżowania w kaptularzu zakonnym. Obecnie w kaptularzu mieści się kaplica adoracji Najświętszego Sakramentu z klęcznikiem papieskim. Na tym klęczniku 9 czerwca 1999 Jan Paweł II adorował Najświętszy Sakrament odprawiając nabożeństwo czerwcowe. W podłodze tej kaplicy znajduje się najstarszy przedmiot w kościele kamienna płyta z 1715 z epitafium w języku łacińskim: "Błogosławieni, którzy w Panu umierają, albowiem czyny ich podążają za nimi".
Przed prezbiterium jest zejście do krypt, gdzie chowano zmarłych zakonników.