Wspólnota Europejska przestała być stroną umowy w sprawie MKOOpZ.
Do podstawowych celów MKOOpZ należą: zapobieganie oraz redukowanie zanieczyszczeń wód Odry i Bałtyku, utrzymanie i ochrona ekosystemów wodnych i brzegowych jak najbardziej zbliżonych do naturalnych, zachowując różnorodność gatunkową, umożliwienie wykorzystania wód Odry jako wody zdatnej do picia oraz wody dla użytku rolniczego, zapobieganie i trwałe obniżanie ryzyka szkód powodziowych, koordynacja wdrażania Ramowej Dyrektywy 2000/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 23.10.2000 ustanawiającej ramy wspólnotowego działania w dziedzinie polityki wodnej oraz Dyrektywy 2007/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 23.10.2007 w sprawie oceny ryzyka powodziowego i zarządzania nim w dorzeczu Odry.
MKOOpZ jest członkiem-obserwatorem Międzynarodowej Komisji Ochrony Łaby.
Funkcjonowanie oraz struktura organizacji Główne decyzje MKOOpZ podejmowane są na szczeblu posiedzenia Komisji, w którym uczestniczą Delegacje Stron Umowy. Praca MKOOpZ odbywa się w grupach roboczych, złożonych ze specjalistów, powołanych przez Delegacje Stron Umowy.