Przewodnictwo obejmowane jest każdorazowo z początkiem roku kalendarzowego. + Przewodnictwo oraz Przewodniczący Komisji w poszczególnych latachLataPrzewodnictwo KomisjiPrzewodniczący Komisji1996-1998Delegacja Rzeczypospolitej PolskiejLeszek Bagiński1999-2000Delegacja Rzeczypospolitej PolskiejRadosław Gawlik2000-2001Delegacja Rzeczypospolitej PolskiejJanusz Zaleski2002-2004Delegacja Republiki CzeskiejJaroslav Kinkor2005-2007Republika Federalna NiemiecThomas Stratenwerth2008-2010Delegacja Rzeczypospolitej PolskiejJanusz Zaleski2011-2013Delegacja Republiki CzeskiejPavel Punčochář2014-2016Republika Federalna NiemiecHeide Jekel2017-2018Delegacja Rzeczypospolitej PolskiejIwona Koza, od marca 2018 Joanna Kopczyńska
Sekretariat Sekretariat jest kierowany przez dyrektora sekretariatu, podlegając jednocześnie przewodniczącemu komisji. Głównym jego zadaniem jest wspieranie działań komisji, Przewodniczącego oraz grupy robocze – organizacyjnie oraz merytorycznie. Sekretariat zajmuje się organizacją posiedzeń komisji oraz narad przewodniczących delegacji, a także spotkań grup