Służba „Don Juan d’Austria” został zbudowany w stoczni w Trieście. Stępkę położono w październiku 1861 roku, a kadłub został zwodowany 26 lipca 1862 roku. Zakończenie prac wykończeniowych nastąpiło w następnym roku, po czym okręt został wprowadzony do służby w austriackiej marynarce wojennej. Otwarty dziób okrętu był bardzo „mokry”, co stwarzało znaczne problemy ze sterownością. W lutym 1864 roku Austria poparła Prusy w czasie II wojny o Szlezwik. „Don Juan d’Austria” został wysłany razem z okrętem liniowym SMS „Kaiser” i dwoma mniejszymi jednostkami pod dowództwem wiceadmirała Bernharda von Wüllerstorf-Urbaira na Morze Północne w celu wzmocnienia niewielkich sił pod dowództwem kapitana Wilhelma von Tegetthoffa, składających się z SMS „Schwarzenberg” i SMS „Radetzky”. Po połączeniu się w Den Helder w Holandii, 27 czerwca obie grupy wypłynęły do Cuxhaven, gdzie przybyły trzy dni później. Mniejsza liczebnie flota duńska pozostała w porcie do końca wojny i nie szukała starcia z austriacką eskadrą. Nieniepokojne austriackie i pruskie okręty wspierały zajmowanie duńskich wysp po zachodniej stronie półwyspu Jutlandzkiego.