Służba Stępka pod „Prinz Eugen” położona została w październiku 1861 roku w stoczni . Okręt został zwodowany 14 czerwca 1862 roku, a zakończenie prac wykończeniowych nastąpiło w marcu 1863 roku, po czym pancernik został wprowadzony do służby w austriackiej marynarce wojennej. Otwarty dziób okrętu był bardzo „mokry”, co stwarzało znaczne problemy ze sterownością. W lutym 1864 roku Austria poparła Prusy w czasie II wojny o Szlezwik. „Prinz Eugen” i dwa okręty pancerne typu Drache pozostały na Adriatyku w celu osłony austriackiego wybrzeża, podczas gdy eskadra okrętów została wysłana na Morze Północne.
W czerwcu 1866 roku Prusy i Włochy wypowiedziały wojnę Austrii, rozpoczynając w ten sposób wojnę prusko-austriacką. Wilhelm von Tegetthoff został awansowany do stopnia kontradmirała, objął dowodzenie całą austriacką flotą i od razu zarządził mobilizację. Gdy okręty były już w pełni obsadzone, rozpoczęły się ćwiczenia w Fasanie. 27 czerwca Tegetthoff zabrał flotę w pobliże Ankony, by sprowokować Włochów do wyjścia w morze, ale włoski dowódca, admirał Carlo di Persano nie zdecydował się podjąć walki. Tegetthoff ponowił próbę 6 lipca, ale włoska flota ponownie pozostała w porcie.
Bitwa pod Lissą thumb|Szyk eskadr przed bitwą.