Od 31 października do 6 listopada 1998 roku okręt (wraz z bliźniaczym ORP „Resko”) uczestniczył w międzynarodowych ćwiczeniach sił przeciwminowych Baltic Endeavour ’98, pod dowództwem kmdr. ppor. Andrzeja Wojtkowiaka. W roku 2000 jednostka uczestniczyła w polsko-niemiecko-francuskich manewrach obrony przeciwminowej Baltica 2000 (maj), ćwiczeniach przeciwminowych Open Spirit 2000 (5 września – oczyszczanie toru podejściowego do portu w Rydze, pod dowództwem kmdr. ppor. Andrzeja Wojtkowiaka), a także w manewrach Baltic Endeavour 2000 na wodach Zatoki Kilońskiej (23-28 października, razem z „Jamno”). W dniach 9-13 października 2002 roku ORP „Gardno” wraz z bliźniaczymi trałowcami „Necko”, „Nakło” i „Drużno” brał udział w operacji przeciwminowej w Zatoce Pomorskiej z okrętami duńskimi (Passex 2002).