W pierwszej rundzie zwyciężył w dwumeczu ze szwedzkim Östers IF, by w kolejnej uznać wyższość Bayernu Monachium. W lidze klub zakończył sezon na szóstym miejscu, zaś Pecze opuścił Dunajską Stredę i w latach 1989–1990 (lub 1991) prowadził węgierski Győri ETO FC. W sezonie 1991/1992 trenował FC Nitra.

Od lipca 1992 do czerwca 1993 był trenerem polskiego klubu Wisła Kraków. Ten sezon polskiej pierwszej ligi zakończyła tzw. niedziela cudów, podczas której Wisła przegrała z Legią Warszawa 0:6, w meczu uważanym za „sprzedany”. Jego wynik został anulowany przez PZPN. Po sezonie, który Wisła zakończyła ostatecznie na 10. pozycji, Pecze został z klubu zwolniony.

Powrócił na Słowację i od 1994 do 1997 trenował Spartak Trnawa, a w latach 1997–1998 FC Košice. Następnie prowadził tureckie kluby – najpierw Gençlerbirliği SK (1998–2000), a w latach 2000–2002 – Çaykur Rizespor (2000 do 2002). Od 2002 do 2004 był trenerem Interu Bratysława, a w 2004 prowadził grecki Panionios GSS. Następnie powrócił do Żyliny i w latach 2005–2006 ponownie trenował tamtejszy klub piłkarski.