Od 1911 r. przebywał w Maladze, gdzie poświęcił się opiece nad ubogimi i potrzebującymi. Wkrótce zainteresował się osobami mieszkającymi w gospodarstwach rolnych i na innych obszarach wiejskich, choć spędził też trochę czasu w Loyoli. Był w Kadyksie od 1916 do 1917, po czym wrócił do Malagi, aby kontynuować swoją pracę. W 1922 r. współtworzył Misjonarzy Wiejskich Parafii wraz z Sługą Bożym Marią Isabel González del Valle Sarandeses. Arnáiz znał także biskupa Malagi św. Emanuela Gonzáleza Garcíę, który pochwalał jego pracę i zachęcił go do kontynuowania jej na wielką skalę W czerwcu 1926 r. Arnáiz Muñoz zachorował. Cierpiał na wysoką gorączkę, a wkrótce zdiagnozowano u niego zapalenie oskrzeli Zmarł miesiąc później. Jego szczątki zostały pochowane w kościele Corazón de Jesús w Maladze.
Proces beatyfikacyjny Proces beatyfikacyjny Arnáiza rozpoczął się 5 grudnia 1989 r., po tym jak Kongregacja do Spraw Świętych wydała oficjalny "nihil obstat" i odtąd przysługiwał mu tytuł Sługi Bożego. Proces diecezjalny miał miejsce w diecezji Malagi od 18 marca 1990 r. do jego zamknięcia w dniu 23 grudnia 1995 r. W dniu 10 października 2016 r. został ogłoszony dekret o heroiczności jego cnót. Cud wymagany do jego beatyfikacji został zbadany w Maladze i dotyczył uzdrowienia z połowy lat 90.