Od 2012 roku kieruje Katedrą oraz Centrum Interdyscyplinarnych Studiów o Polsce na Uniwersytecie Europejskim Viadrina we Frankfurcie nad Odrą, gdzie w 2014 roku została mianowana na stanowisko profesora zwyczajnego. W 2023 roku Centrum zostało przemianowane na Viadrina Center of Polish and Ukrainian Studies. Od tego czasu Centrum kieruje Dagmara Jajeśniak-Quast razem z Andrii Portnovem. Ponadto od czerwca 2023 roku do grudnia 2024 roku pełniła funkcję wiceprezydentki Uniwersytetu Europejskiego Viadrina ds. międzynarodowych oraz Collegium Polonicum, wspólnej jednostki naukowej z Uniwersytetem im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Pełnione funkcje i członkostwa przewodnicząca Kuratorium Stowarzyszenia Sponsorów Uniwersytetu Europejskiego Viadrina członkini Komisji Etyki Uniwersytetu Europejskiego Viadrina we Frankfurcie nad Odrą członkini Rady Fundacji Uniwersytetu Europejskiego Viadrina we Frankfurcie nad Odrą członkini Rady Redakcyjnej kwartalnika „Przegląd Zachodni” (Instytut Zachodni, Poznań) w kadencji 2015-2018 członkini Rady Naukowej im.