Podczas najazdu szwedzkiego budynek uległ zniszczeniu, a jego odbudową zajął się w 1664 roku ks. Stanisław Wojeński. W 1667 w kamienicy gościł król Jan Kazimierz, a w 1676 król Jan III Sobieski. W latach 1721–1723 budynek został gruntownie przebudowany przez wynajmującego go architekta Kaspra BażankęUlica Kanonicza – Przewodnik Kraków.. Ostatnim właścicielem z ramienia kapituły pod koniec XVIII wieku był Wacław Sierakowski. Za jego sprawą pałac wyremontowano i ozdobiono. W XVIII wieku budynek zajmował całą długość ściany placu św. Marii Magdaleny, na jego dwóch ściętych narożnikach ustawiono obeliski i rzeźbione popiersia: w narożniku od ul. Kanoniczej popiersie św. Jacka, a od strony ul. Grodzkiej, bł. Bronisławy. Na obie boczne ulice wychodziły rzeźbione atlantami portale, nad którymi znajdowały się herb kapituły i herb Ogończyka ks. Sierakowskiego. Portale były ze sobą połączone sienią przechodząca przez całą szerokość pałacu. W drugiej połowie XIX wieku portal od strony ul. Kanoniczej (bez górnego zwieńczenia) został przeniesiony na podwórze wraz z niektórymi fragmentami dekoracyjnymi oraz z tablicą marmurową z 1648 roku upamiętniającą odbudowę pałacu po zniszczeniach w czasie najazdów szwedzkichPortal barokowy przy pl. św. Magdaleny w Krakowie..