Historia Poprzednikiem Uniwersytetu Maltańskiego było Collegium Melitense, jezuickie kolegium założone 12 września 1592 roku. Pierwotnie ulokowane było w starym budynku w Valletcie, ale nowy kompleks mieszczący kolegium i kościół Jezuitów został już zamówiony przez biskupa Tommaso Gargallo. Budowa ruszyła 4 września 1595 roku, kamień węgielny położył wielki mistrz Martin Garzes. Prace postępowały szybko i kolegium przeniosło się na nowe miejsce w roku 1597; budynek został całkowicie ukończony w roku 1602. Kościół był gotowy w 1609 roku.
W dniu 12 września 1634 roku oba budynki, kolegium oraz przyległy kościół, zostały poważnie uszkodzone w wyniku wybuchu w wytwórni prochu. Uszkodzone konstrukcje naprawiono, a kościelna fasada została kompletnie przebudowana. Kolejne zniszczenia dotknęły to miejsce podczas trzęsienia ziemi w roku 1693. W roku 1695 na tyłach budynku zainstalowany został zegar słoneczny oraz umieszczona łacińska inskrypcja.