Po 7 latach pracy jednostka rdzenia zostaje zamknięta i schładza się, aby umożliwić rozpad krótkotrwałych nuklidów promieniotwórczych. Po tym okresie schładzania zużyta jednostka rdzenia zostaje wyjęta i wymieniona.
Jednocześnie nowa jednostka rdzenia jest instalowana i aktywowana w drugim silosie. Wiąże się to z podłączeniem do wtórnego (chłodziwa) rurociągu solnego, umieszczeniem głowicy zabezpieczającej i tarczą biologiczną oraz załadowaniem świeżej soli paliwowej. Głowica zabezpieczająca zapewnia podwójną obudowę (pierwsza to zamknięte naczynie reaktora) i nowa jednostka centralna może teraz rozpocząć swój 7-letni cykl działania.
Dostawca IMSR gromadzi zapieczętowane, zużyte jednostki IMSR Core i zbiorniki soli z wypalonym paliwem w silosach odpowiedniej klasy. Ten tryb operacyjny zmniejsza niepewność w odniesieniu do długiego okresu użytkowania materiałów i wyposażenia, zastępując je nowymi co eliminuje narastanie problemów związanych z wiekiem urządzenia, takich jak pełzanie lub korozja.