Zasadniczą kwestią dla reaktorów jądrowych jest to, że nawet po zatrzymaniu procesu rozszczepiania jądra atomowego ciepło generowane jest na znacznym poziomie przez rozpad promieniotwórczy produktów rozszczepienia na wiele dni, a nawet miesięcy. Jest to znane jako rozpad ciepła i jest głównym motorem napędowym chłodzenia reaktorów jądrowych i musi zostać usunięte. W przypadku konwencjonalnych reaktorów lekkiej wody we wszystkich przewidywalnych okolicznościach przepływ wody chłodzącej musi być stale kontynuowany. W przeciwnym razie może dojść do uszkodzenia i stapiania (stałego) paliwa. Reaktory lekkiej wody pracują z lotnym czynnikiem chłodzącym, wymagającym działania pod wysokim ciśnieniem i rozprężania w sytuacjach awaryjnych.
IMSR zamiast tego wykorzystuje płynne paliwo pod niskim ciśnieniem. W IMSR nie występuje doprowadzanie chłodziwa do reaktora lub rozprężaniu reaktora. Chłodzenie IMSR jest pasywne. Ciepło w sposób ciągły rozprasza się z jednostki rdzenia. Podczas normalnej pracy strata ciepła jest zmniejszana przez umiarkowaną temperaturę zbiornika reaktora podczas normalnej pracy, w połączeniu ze stojącym powietrzem pomiędzy jednostką rdzeniową a naczyniem ochronnym, co pozwala wykorzystać promiennik ciepła.