Razem z Prof.Elżbietą Mycielską-Dowgiałło jest współautorem i współredaktorem dwóch książek: „Badania osadów czwartorzędowych. Wybrane metody i interpretacja wyników” oraz „Badenie cech strukturalnych osadów czwartorzędowych i wybrane metody oznaczania ich wieku”.
Jacek Rutkowski wykładał na swojej macierzystej uczelni, według opracowanego przez siebie programu, geomorfologię, geologię czwartorzędu, kartografię geologiczną oraz geologię strukturalną. Naukową pasję przekazywał studentom, przede wszystkim, podczas praktyk i prowadzonych przez siebie prac terenowych.
Ostatnie 20 lat swojego życia prof. Rutkowski poświęcił badaniom jeziora Wigry na Suwalszczyźnie. Niezwykłym jego osiągnięciem było de facto stworzenie luźnego, nieformalnego, interdyscyplinarnego zespołu naukowców z całej Polski, od studentów po renomowanych profesorów, którzy pociągnięci autorytetem i osobowością profesora, pod jego kierownictwem, nieodpłatnie poświęcili się badaniom przyrodniczym jeziora i jego otoczenia. Zaczynając od badania litologii żwirów z dna Wigier, z czasem, wraz z przystąpieniem do współpracy kolejnych badaczy, zakres badań został poszerzony o geologię, hydrochemię, hydrobiologię, datowanie osadów oraz badanie ewolucji środowiska jeziora Wigry i sąsiadujących jezior (głównie sucharów).