W wodach przybrzeżnych są to: warunki morfologiczne zmienność głębokości struktura i skład podłoża struktura strefy pływów reżim przypływu kierunek dominujących prądów ekspozycja na fale.
Jeżeli jednolita część wód nie została wyznaczona jako silnie zmieniona (lub sztuczna), aby sklasyfikować jej stan ekologiczny jako bardzo dobry, jej parametry hydromorfologiczne muszą być niezakłócone lub prawie niezakłócone w porównaniu do warunków naturalnych. Stan ekologiczny osiąga klasy gorsze niż pierwsza (stan bardzo dobry), gdy przekształcenia hydromorfologiczne pozwalają elementom biologicznym na osiągnięcie stanu gorszego niż bardzo dobry. Oznacza to w praktyce, że w ocenie jakości wód zgodnej z ramową dyrektywą wodną, stan elementów hydromorfologicznych ocenia się tylko jako bardzo dobry lub gorszy niż bardzo dobry, a ostateczna klasyfikacja stanu ekologicznego w tym drugim przypadku zależy od stanu elementów biologicznych, niezależnie od rzeczywistego stanu elementów hydromorfologicznych. W przypadku wód silnie zmienionych lub sztucznych osiągnięcie dobrego stanu ekologicznego nie jest wymagane, w zamian określa się dla nich kryteria potencjału ekologicznego: maksymalnego, dobrego i gorszych.