Wkrótce po ogłoszeniu ramowej dyrektywy wodnej eksperci odpowiedzialni za jej wdrażanie przewidywali występowanie kilka głównych grup działalności ludzkiej mającej wpływ na warunki hydromorfologiczne: żeglugę, ochronę przeciwpowodziową, energetykę wodną, rolnictwo z leśnictwem i akwakulturą, zaopatrzenie w wodę, rekreację i urbanizację. Z działalnością tą związane są następujące presje hydromorfologiczne i oddziaływania na środowisko: przekształcenia fizyczne zapory i jazy utrzymanie koryta z bagrowaniem tory wodne umocnienia brzegów drenaż gruntów osuszanie akwenów (melioracja) odcinanie starorzeczy oddziaływania na parametry hydromorfologiczne i biologiczne przerwanie ciągłości rzeki i transportu osadów zmiana profilu koryta odcięcie starorzeczy odcięcie lub zanik terenów zalewowych zmniejszenie przepływu bezpośrednie mechaniczne niszczenie flory i fauny sztuczny reżym odpływu zmiana poziomu wód gruntowych erozja i zamulenie.
W trakcie wdrażania ramowej dyrektywy wodnej eksperci Komisji Europejskiej presje hydromorfologiczne podzielili na kilka kategorii związanych z wykorzystaniem płynących wód powierzchniowych: retencją, rolnictwem, zwłaszcza melioracją, ochroną przeciwpowodziową, żeglugą śródlądową oraz jako osobną kategorię presje hydromorfologiczne wywierane na wody przejściowe i przybrzeżne.