Al-Asad spędził 44 dni w areszcie, po czym został razem z kolegami wymieniony na grupę oficerów egipskich przebywających we wrześniu 1961 w Syrii i uwięzionych po przewrocie. Nowy głównodowodzący syryjskich sił zbrojnych generał major Zahr ad-Din nie ufał wojskowym przybyłym z Egiptu. Al-Asad początkowo został skierowany na bezterminowy urlop, a następnie razem z 62 innymi oficerami związanymi z partią Baas (w tym czterema towarzyszami z Komitetu Wojskowego) usunięty z armii i skierowany do pracy biurowej w ministerstwie. Trafił do departamentu transportu morskiego w ministerstwie gospodarki. W poczuciu niesprawiedliwego traktowania uchylał się od pracy, zgłaszając się jedynie co miesiąc po wynagrodzenie.
Komitet Wojskowy przystąpił w tym czasie do rozbudowywania tajnej organizacji oficerów, którą zapoczątkował jeszcze w Kairze. Członkowie grupy nawiązali także kontakty z wojskowymi o poglądach naserystowskich, zamierzali bowiem walczyć o odnowienie unii z Egiptem. W odróżnieniu od naserystów pragnęli jednak odbudować unię na nowych warunkach, gwarantujących partii Baas istotną pozycję w państwie i ograniczających władzę prezydenta, a nie jedynie domagać się przywrócenia jedności obu państw.