Dopiero po 30 latach doża Andrea Centurione nakazał budowę nowej latarni morskiej na gruzach starej. Pieniądze na sfinansowanie budowy pożyczył z Banco di San Giorgio. Nie wiadomo, czy w tym czasie istniała prowizoryczna latarnia zastępcza. Nie jest też znane nazwisko architekta, który zbudował wieżę. Według jednych źródeł był to Francesco da Gundria, według innych, bardziej wiarygodnych – Gian Maria Olgiati. Z dokumentów historycznych wynika natomiast, że do budowy nowej latarni zużyto: 120 000 cegieł, 2 600 ręcznie ciosanych kamieni i 160 m² kamieni z kamieniołomów Carignano, wzgórza otaczającego Genuę. Blanki z epoki gibelinów zastąpiono murem kamiennym, a w środku wieży zamiast drabiny zbudowano kamienne schody. W 1543 roku latarnia została ukończona. Była to konstrukcja dwukondygnacyjna, z dolną częścią większą od górnej. Obie kondygnacje wieńczył otwarty taras, biegnący wokół nich. Na szczycie wieży zamontowano wielką, miedzianą latarnię z przezroczystym, weneckim szkłem. Dla upamiętnienia budowy nowej latarni przy wejściu do niej została umieszczona marmurowa płyta, zachowana do dzisiaj. mały|240px|Ambroise Louis Garneray, Widok Genui (ok. 1810);