Duża część jego twórczości ma charakter moralistyczny i jest skierowana przeciw konsumpcyjnemu stylowi życia mieszczan. Najambitniejszą jego powieścią jest "Øgledage" ("Jaszczurcze dni") z 1961, wykorzystująca wytworną, modernistyczną metodę narracyjną. Tytułowe jaszczury oznaczają tych, którzy protestują przeciwko znieczulającym konwencjom życia codziennego. Konflikt między instynktowymi energiami a wymogami dostosowywania się stał się głównym tematem kilku jego powieści z lat 60: "Fern fra Danmark" ("Daleko od Danii", 1963), "Fejltagelsen" ("Błąd", 1964) i "Den gale mand" ("Zwariowany człowiek", 1965). W powieściach tych Panduro nie widzi możliwości łatwego rozwiązania tych antagonizmów, i załamanie jego głównych bohaterów potwierdza represyjną naturę nawet pozornie idyllicznego społeczeństwa jak duńskie. Inne jego powieści to "Inny świat Daniela" (1970, wyd. pol. 1973), "Okna" (1977, wyd. pol. 1980). Napisał również wiele scenariuszy dla radia, telewizji i filmu oraz dramatów i słuchowisk w konwencji teatru absurdu (m.in.