FC Viljandi – estoński klub piłkarski, mający siedzibę w Viljandi, w prowincji Viljandi na południu kraju.
Historia Chronologia nazw: 2000: FC Viljandi 2000: po zakończeniu sezonu sprzedał miejsce FC Elva 2011: FC Viljandi 2012: klub rozwiązano
Klub piłkarski FC Viljandi został założony w mieście Viljandi w 2000 rokuEstonia – List of Foundation Dates – RFFFS. W debiutowym sezonie 2000 zespół startował w pierwszej lidze, w której zajął 3. miejsce. Jednak po zakończeniu sezonu sprzedał miejsce FC Elva i został rozwiązany.
W 2011 klub został reaktywowany jako FC Viljandi, po tym jak inny klub miejski Tulevik zdecydował się odbudować drużynę z lokalnymi amatorami i spadł o dwa poziomy, aby zagrać w drugiej lidze. Nowo utworzony klub zajął miejsce Tulevika w Meistriliiga. Większość piłkarzy do nowego klubu przeszło z Tulevika. W sezonie 2011 zajął 8.miejsce, a w 2012 był na siódmej pozycji w najwyższej lidze Mistrzostw Estonii.