We wrześniu 2018 r. zatrzymano 8 osób podejrzanych o udział w morderstwie, a w marcu następnego roku zarzut zlecenia zabójstwa postawiono biznesmenowi Marianowi Kočnerowi, wobec którego Kuciak prowadził dziennikarskie dochodzenie.
13 stycznia 2020 były żołnierz Miroslav Marcek przyznał się do zabójstwa Kuciaka. Stwierdził, że otrzymał zlecenie na zabójstwo Kuciaka od swojego kuzyna Tomáša Szabó. Kočner zaprzeczył, że zlecał morderstwo.
Podczas procesu dziennikarz Peter Toth zeznał, że na zlecenie Kočnera śledził Kuciaka i 27 innych dziennikarzy słowackich mediów w celu znalezienia i opublikowania informacji, które ich dyskredytują. Toth stwierdził, że w jego opinii akcja inwigilacji dziennikarzy miała służyć przygotowaniu morderstwa na Kuciaku. Według Totha akcje inwigilacji dziennikarzy wspierał finansowo Norbert Bödör – syn słowackiego oligarchy Miroslava Bödöra.