W kwietniu 1863 znalazł się w szeregach powstańczych. Jako Chościakiewicz dowodził jednym z oddziałów w wyprawie Zygmunta Jordana 20 czerwca na Komorów. Rozkazem dziennym Rządu Narodowego z 22 sierpnia 1863 mianowany został majorem. W lutym 1864 przebywał w Rzymie, a następnie zwiedzał Hiszpanię. W połowie lat 70. XIX wieku ojciec zaś oddał mu majątek Wójczę. Zatrzymał obywatelstwo austriackie i gdy ojciec w 1881 wycofał się z Sejmu Krajowego Galicji, Jan został wybrany posłem na jego miejsce, z kurii wielkiej własności okręgu krakowskiego w V kadencji Sejmu. Zasiadał w komisji lustracyjnej, co roku odwiedzał utrzymywane z funduszów krajowych szpitale i zakłady opieki społecznej. W Sejmie był bezkompromisowym konserwatystą. Był przeciwko samorządowi miejskiemu mniejszych żydowskich miasteczek, przymusowi szkolnemu, przeciwko zwiększeniu obciążeń podatkowych, natomiast za zatrudnieniem zakonnic w ochronkach i szpitalach. Wystąpienia Popiele spotykały się z gwałtowną polemiką w Sejmie i poza nim, co też zniechęciło go do posłowania w następnej kadencji. Sprawozdania ze swojej działalności jako poseł drukował w Krakowie w 1883 i 1889 w broszurach Do moich wyborców. W 1890 osiadł na stałe w Wójczy i zajął się gospodarowaniem w majątku.