W marcu 2018 władze socjaldemokratów desygnowały ją do objęcia stanowiska ministra ds. rodziny, osób starszych, kobiet i młodzieży w czwartym rządzie Angeli Merkel. Sprawowanie tego urzędu rozpoczęła w tym samym miesiącu.
W 2019 Wolny Uniwersytet Berliński wszczął postępowanie dotyczące jej rozprawy doktorskiej pt. Europas Weg zum Bürger – Die Politik der Europäischen Kommission zur Beteiligung der Zivilgesellschaft, wobec której pojawiły się zarzuty niewłaściwego oznaczania źródeł (wskazujące, że około jedna trzecia pracy może stanowić plagiat, w tym także zawierać niewłaściwie oznaczone cytaty z Wikipedii). Sama Franziska Giffey stwierdziła, że odwoływała się do źródeł zgodnie z wytycznymi promotora.
W związku z tą sprawą w maju 2021 podała się do dymisji z funkcji ministra, kończąc urzędowanie 20 maja tegoż roku (jej następczynią została Christine Lambrecht). W czerwcu 2021 Wolny Uniwersytet Berliński poinformował o odebraniu polityk stopnia doktora.