W maju 2018 roku zrezygnował z tego stanowiska.
Po rezygnacji został nowym szkoleniowcem Realu Sociedad. 26 grudnia tego samego roku został zwolniony z powodu słabych wyników. 21 maja 2019 roku Garitano objął stanowisko trenera Deportivo Alavés, zastępując Abelardo, który dzień wcześniej złożył rezygnację. Został zwolniony w lipcu 2020 roku po pięciu porażkach z rzędu. 27 stycznia 2021 roku Garitano powrócił do Leganés, którego klub ponownie znalazł się w drugiej lidze. Został zwolniony 30 października, pozostawiając drużynę w strefie spadkowej. 29 maja 2023 roku, po ponad roku przerwy w pracy trenerskiej, Garitano zastąpił Luisa Miguela Ramisa w innym klubie drugiej ligi, CD Tenerife. Odszedł w czerwcu 2024 r., po zajęciu 12. miejsca.
8 kwietnia 2025 r. przejął stery po zwolnionym Rubéniu Albésie w zagrożonym spadkiem Sporting de Gijón; podpisał kontrakt ważny do 30 czerwca 2026 r. Udało mu się z łatwością uniknąć spadku, zajmując 11.