Sprzedano 723 akcje banku, które zostały zakupione przez 192 osoby. Aaron Burr zakupił trzy akcje, Alexander Hamilton – półtorej. Pierwszym prezesem został . Pierwszą siedzibą był budynek Walton Mansion. W 1787 r. bank przeniósł się na Hanover Square na Manhattanie.

Pierwszą pożyczkę rządowi Stanów Zjednoczonych bank udzielił w 1789 r. Została ona zaciągnięta przez A. Hamiltona, ówczesnego sekretarza skarbu, na pensje dla prezydenta i członków Kongresu. BNY był pierwszą spółką notowaną na giełdzie nowojorskiej tuż po jej otwarciu w 1792 r. W 1796 r. bank przeniósł się do nowej lokalizacji położonej na rogu Wall Street i Williams Street. Do 1799 r., kiedy powstał , BNY był monopolistą w Nowym Jorku.

W XIX w. Bank of New York był znany z konserwatywnych praktyk pożyczkowych, co pozwoliło mu przetrwać kolejne kryzysy finansowe. Bank brał udział w finansowaniu powstania kanałów Morris i Erie. Finansował on również wojnę roku 1812 oraz armię Unii w trakcie amerykańskiej wojny secesyjnej. Po wojnie bank sfinansował wiele projektów infrastrukturalnych, m.in. metro w Nowym Jorku.