Na przykład, oryginalna wersja programu SHRDLU (wczesny program do przetwarzania języka naturalnego) nie może być uruchomiona na żadnym nowoczesnym komputerze lub emulatorze, gdyż została zaprojektowana w czasach, gdy LISP oraz PLANNER były wciąż w fazie rozwoju, tym samym wykorzystuje nieistniejące już niestandardowe makra i biblioteki programistyczne.
Przykładowo administrator tworzy forum z użyciem oprogramowania typu Open-source, a następnie wprowadza duże zmiany, dodając nowe funkcje i opcje. Proces ten wymaga dużej ilości modyfikacji istniejącego kodu i odejścia od pierwotnej funkcji tego oprogramowania.
Na tym etapie istnieje kilka sposobów na wystąpienie zjawiska gnicia oprogramowania: Administrator może przypadkowo wprowadzić zmiany, które są sprzeczne względem samych siebie lub względem oryginalnego oprogramowania, co może doprowadzić do błędnego działania forum lub jego nagłej awarii. To pozostawia administratora w bardzo trudnej sytuacji: ponieważ w znacznym stopniu program odbiegł od oryginalnego kodu źródłowego, wsparcie techniczne i pomoc w odbudowie forum będą trudne do uzyskania. W oryginalnym kodzie źródłowym forum może być wykryta luka w zabezpieczeniach, wymagająca poprawek bezpieczeństwa.