Miasto weszło w skład państwa krzyżackiego, zostając stolicą diecezji sambijskiej, jednej z czterech diecezji na obszarze Prus. Królewiec był też głównym miastem Prus Dolnych, części państwa krzyżackiego zarządzanej przez wielkiego marszałka zakonu (zastępcę wielkiego mistrza i jednocześnie komtura królewieckiego). Podczas drugiego powstania pruskiego w 1262 roku miasto uległo pożarowi.
Zakon ostatecznie podbił Prusów w 1273 i przystąpił do rozbudowy miasta. Było to możliwe dzięki przekazaniu zakonowi przez biskupa sambijskiego Henryka von Stritberga swojej części miasta. W 1312 zamek królewiecki stał się rezydencją wielkiego marszałka zakonu. Na przełomie XIII i XIV wieku kapituła sambijska wybudowała nowy kościół katedralny pod wezwaniem św. Wojciecha.
mały|Jedna z dwóch chorągwi Królewca zdobytych pod Grunwaldem w 1410 roku (według Banderia Prutenorum) z herbem miasta.