W 1764 roku rozebrano drewniane ołtarze San Sebastiano i Presepe; zbudowano nowy, kamienny ołtarz w prawym transepcie. Pomimo kolejnych przebudów kościół zachował nie tylko jednolity wygląd, ale także czysto bizantyński styl.
Po upadku Republiki Weneckiej Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Kościół San Giacomo dall’Orio przetrwał jednak te niekorzystne zmiany, a jako parafialny powiększył nawet swój stan posiadania – pod jego jurysdykcją znalazły się kościoły: San Zan Degolà, San Stae, San Boldo i Sant’Agostin (dwa ostatnie zostały później wyburzone). W efekcie poruszenia, wywołanego zawaleniem się w 1902 roku dzwonnicy św. Marka, kościół San Giacomo dall’Orio został w 1903 roku poddany renowacji. W jej efekcie rozebrano położoną obok wejścia do transeptu XVI-wieczną scuolę San Giacomo. Celem tej rozbiórki było przywrócenie pochyłego dachu z prawej strony.
Czasy współczesne Kościół San Giacomo dall’Orio położony jest poza tłumnie uczęszczanymi trasami turystycznymi, jednak plac przed nim ożywa w okresie karnawału poprzedzającego wielki post. Karnawał ten, skromny, lecz sugestywny, różni się zasadniczo od fiesty organizowanej na placu św.