Obszerny transept został dobudowany w epoce gotyku. Jest on nieregularny. Jego prawe ramię, otwierające się między drugą a trzecią kolumną, składa się z trzech naw, podczas gdy lewe ramię, między czwartą a piątą kolumną, zostało zredukowane do jednej nawy, a to z powodu istniejących już budynków (domu duchowieństwa, zakrystii, baptysterium, korytarza wyjściowego) dobudowanych w XVI i XVIII stuleciu. Transept stanowi specyficzny rys w architekturze kościoła. Jego lewe (północne) ramię widziane z zewnątrz wydaje się być wciśnięte w nawę boczną (z powodu wspomnianych budynków), podczas gdy ramię po przeciwnej stronie wychodzi poza obrys ściany.
Dzieła sztuki Korpus nawowy przykrywa charakterystyczny XIV-wieczny, drewniany strop w kształcie stępki. Podobne stropy znajdują się w kościołach Santo Stefano i San Polo.
Prezbiterium mały|240px|Lorenzo Lotto, Madonna z Dzieciątkiem i świętymi, 1546 mały|240px|Palma młodszy, Chrystus podtrzymywany przez anioła, ok. 1600 mały|240px|Palma młodszy, Proboszcz da Ponte przed Maryją Dziewicą, św. Markiem, św. Sylwestrem i św. Jakubem, 1580–1581 Prezbiterium zachowuje ogólny plan romański. Jest podniesione w stosunku do posadzki nawy. Prowadzące do niego schody wykonano z czerwonego marmuru z Werony.