Powróciwszy do Lwowa, ponownie podjął pracę w Bibliotece Uniwersytetu. Po wybuchu wojny poświęcił się ratowaniu księgozbiorów naukowych przed zniszczeniami wojennymi. Zwolniony 1 marca 1940 r., powrócił do pracy w okresie zarządu okupacyjnej władzy niemieckiej, potem władzy radzieckiej, gdy Biblioteka Uniwersytetu zmieniła nazwę na Fundamentalną Bibliotekę Uniwersytetu im. Iwana Franki. 1 czerwca 1945 r. Des Loges jako repatriant na zawsze wyjechał ze Lwowa.
Okres powojenny Wyjechawszy ze Lwowa po wojnie, Marian Des Loges osiedlił się na stałe w Gdańsku. Podjął zatrudnienie w Bibliotece Miejskiej (od 1953 r. Biblioteka PAN) na stanowisku zastępcy dyrektora. Od grudnia 1945 r. został jednocześnie mianowany kustoszem Biblioteki Narodowej w Warszawie. Z Biblioteką Miejską w Gdańsku związany był do 1 czerwca 1950 r., kiedy to objął stanowisko kierownika, później zaś dyrektora Biblioteki Głównej Politechniki Gdańskiej. Na nowym stanowisku wykazał się sprawnością organizacyjną podnosząc Bibliotekę z wojennych zniszczeń, organizując nowe zaplecze dla działań dydaktycznych i naukowych dla polskiej uczelni technicznej. W latach 1946–1951 pracował równocześnie jako wykładowca estetyki na Wydziale Architektury i Sztuki Politechniki Gdańskiej.