Najczęściej pokryte są piaskiem, ale w estuariach również mułem.
Wśród roślin należy zwrócić uwagę na trawę Spartina anglica, trawę morską Zostera angustifolia, zosterę drobną (Zostera noltei) i latem zielone glony z gromady Charophyta.
Zatoka Baldoyle jest ważnym miejscem wykorzystywanym jako zimowisko przez ptaki wodne, brodzące i szereg innych. Znajduje się tu Obszar specjalnej ochrony ptaków zarządzany przez władze lokalne oraz irlandzką Służbę Parków Narodowych i Natury (National Parks and Wildlife Service).
Zatoka została prawnie uznana za rezerwat przyrody w 1988 r. Wewnętrzne obszary zatoki, zawierające estuaria, podlegają ochronie jako specjalny obszar ochrony siedlisk, natomiast mokradła zostały uznane za obszary o znaczeniu międzynarodowym w ramach konwencji ramsarskiej. Obejmują swoim zasięgiem kilka siedlisk wymienionych w europejskiej dyrektywie siedliskowej.
Historia Okolice Baldoyle były najeżdżane, a później zasiedlone przez „ciemnowłosych cudzoziemców”, jak określano duńskich wikingów, którzy znaleźli tu dogodne miejsce dla postoju swoich długich łodzi o małym zanurzeniu, a dodatkowo rzeka Mayne i inne cieki dostarczały słodkiej wody.