W styczniu 1921 rozpoczęto pierwszy rok akademicki na wydziale. W 1925 zgłoszono projekt likwidacji wydziału ze względów oszczędnościowych, lecz upadł on wobec sprzeciwu w ramach uniwersytetu i otoczenia społecznego. W tym samym roku Oddział Farmaceutyczny wydziału (istniejący od 1920, początkowo pod nazwą Studium Farmaceutyczne, jego pierwszym dyrektorem był Konstanty Hrynakowski) włączono do Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego UP. 21 października 1929 w wydziale utworzono Katedrę Stomatologii, pod kierownictwem Józefa Jarząba. W latach 1935–1937 dziekanem wydziału był Tadeusz Stefan Kurkiewicz.
We wrześniu 1939 po zajęciu Poznania przez Niemców wydział został, podobnie jak cały uniwersytet, zamknięty.
27 lutego 1945 po zakończeniu okupacji niemieckiej wznowiono zajęcia w uniwersytecie. Pierwszym po wojnie dziekanem został Witold Kapuściński. 1 października 1947 utworzono Wydział Farmaceutyczny UP z prof. Janem Dobrowolskim jako dziekanem na czele. W tym samym dniu w Wydziale Lekarskim powołano Oddział Stomatologiczny.