Następnie zbiory zaczęto przekształcać w muzeum. Architektem budynku, otwartego w 1910, był Charles Girault. Muzeum kilkukrotnie zmieniało nazwy – między 1898 a 1910 nazywało się Muzeum Konga, od 1910 do 1952 – Muzeum Konga Belgijskiego, w latach 1952-1960 funkcjonowało jako Królewskie Muzeum Konga Belgijskiego, by wreszcie w 1960 ustalić nazwę jako Królewskie Muzeum Afryki Środkowej. Inauguracja nowego gmachu miała miejsce 30 kwietnia 1910. Układ pomieszczeń był typowy dla podobnym muzeów – zwiedzający trafiali kolejno na eksponaty zoologiczne, następnie archeologiczne, później zaś etnograficzne.
W 2002 roku ówczesny dyrektor muzeum, Guido Gryseels, określił placówkę jako reliktową. Było to wówczas jedyne kolonialne muzeum, które pozostawało niezmienione od czasu powstania. Murat Aydemir, jeden z badaczy pracujących dla muzeum, uznał placówkę za reprezentujące kolonializm jako rzecz obecną, bowiem klasyfikacja i przeznaczone dla zwiedzających opisy eksponatów nie traktowały ich jako rzeczy minionych. Zmiany w ekspozycjach zaczęto wprowadzać w 2002. Pod koniec 2013 muzeum zamknięto do renowacji;