28 stycznia 1998 Nekrošius utworzył własny teatr Meno Fortas. Pierwszym spektaklem granym pod szyldem Meno Fortas był Hamlet Shakespeare’a w 1997. Była to pierwsza z wielkich inscenizacji szekspirowskich Nekrošiusa. Dwa lata później powstał Makbet, a w 2000 roku Otello. W szekspirowskich przedstawieniach ukazał nowe możliwości podejścia do tekstu, które stały się dla litewskiego teatru punktem odniesienia. Do dzisiaj reżyserzy, sięgając po utwory Shakespeare’a, podejmują dialog z inscenizacjami Nekrošiusa.
Charakterystyczną cechą jego sztuk jest kojąca muzyka w tle o powtarzalnym wzorcu w całym spektaklu, szerokie zastosowanie tańca i ruchu oraz unikalne rekwizyty na scenie, a także wykorzystanie naturalnych substancji takich jak woda, ogień, wiatr, lód i kamień. Długość pojedynczego wykonania często przekracza konwencjonalny czas oglądania, ponieważ Nekrošius faworyzuje skomplikowane i wymagające utwory na scenie, takie jak Pieśń nad pieśniami według Starego Testamentu czy Pory roku autorstwa Kristijonasa Donelaitisa.