Po wygnaniu morysków, przez następnych ponad sto lat, głównym celem represji ze strony trybunału w Llerenie byli portugalscy marrani, którzy osiedlali się w Hiszpanii. Estremadura, jako rejon przygraniczny, była w znaczącym stopniu dotknięta tą imigracją. Szczególne nasilenie prześladowań tej grupy miał miejsce w latach 20. i 60. XVII wieku oraz w latach 20. XVIII wieku. Surowe wyroki przeciwko marranom zapadały w Llerenie aż do połowy XVIII stulecia. Jeszcze w 1752 spalono wizerunki sześciorga zbiegłych judaizantów oraz zwłoki jednej kobiety zmarłej przed końcem procesu.
Po wkroczeniu do Hiszpanii wojsk napoleońskiej Francji w 1808, inkwizytorzy Llereny opowiedzieli się po stronie obalonej dynastii Burbonów i wydali manifest potępiający kolaborancką postawę wielkiego inkwizytora Ramóna José de Arce i Rady Najwyższej i Generalnej Inkwizycji w Madrycie (tzw. Supremy). Trybunału w Llerenie nie objęło tym samym zarządzone w grudniu 1808 przez władze napoleońskie zniesienie hiszpańskiej inkwizycji. Jednakże również w obozie antyfrancuskim silna była opozycja wobec inkwizycji i w 1813 Kortezy w Kadyksie również uchwaliły jej zniesienie. W 1814 król Ferdynand VII, po klęsce Napoleona, powrócił na tron i przywrócił inkwizycję, w tym jej trybunał w Llerenie.