W listopadzie 1993 utworzono dwie stacje monitoringu – Stację Geoekologiczną Malik i Stację Bazową ZMŚP Święty Krzyż. W roku akademickim 1994/1995 w Instytucie Geografii po raz pierwszy na kieleckiej uczelni wprowadzono dwustopniowe studia geograficzne. W latach 90. rektorami kieleckiej WSP byli pracownicy Wydziału Nauk Ścisłych i Przyrodniczych – biolog Adam Kołątaj, geograf Marian Koziej (pełniący obowiązki) i leśnik Stanisław Cieśliński.
W kolejnych latach podjęto decyzję o rozbudowie wydziału. Jednocześnie wyremontowano i zmodernizowano istniejący budynek, wykonano nową elewację, wymieniono okna, uporządkowano pobliski teren, a także zrobiono chodniki i trawniki. W 2003 na dachu budynku wydziału oddano do użytku obserwatorium astronomiczne, a w 2005 otwarto planetarium. Również w 2005 rada wydziału uzyskała uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk fizycznych. Kolejne uprawnienia do doktoryzowania – w dziedzinie nauk biologicznych i nauk o Ziemi w zakresie geografii – otrzymano odpowiednio w marcu i czerwcu 2007. W styczniu 2008 zakończono budowę budynku G, który oddano do użytku 30 kwietnia 2008. Przeniesiono do niego Instytut Chemii, a część gmachu przeznaczono dla kierunków studiów ochrona środowiska oraz informatyka. W budynku utworzono również aulę główną wydziału. Działkę przy ul.