Wschodnia, pomorska część dzisiejszego kraju związkowego, leżała w granicach Polski Bolesława III Krzywoustego. Wówczas na początku XII w. książę pomorski Warcisław I jako lennik polski został protoplastą dynastii Gryfitów, panującej w księstwie pomorskim do 1637 r. W 1130 Ranowie przyjęli polskie zwierzchnictwo nad RugiąEdmund Kosiarz, „Wojny na Bałtyku X-XIX w.”, Wydawnictwo Morskie, Gdańsk 1978, s. 38., uznane w 1135 w Merseburgu przez cesarza rzymskiego Lotara III. W 1147 rycerstwo niemieckie zorganizowało pierwszą krucjatę połabską przeciw Obodrzytom, odpartą przez księcia Niklota. W wyniku krucjat ziemie te jednak zostają ostatecznie podbite i włączone do Świętego Cesarstwa Rzymskiego jeszcze w średniowieczu. Książęta Obodrzyców zostali książętami Meklemburgii i jako dynastia meklemburska panowali w regionie do 1918 r. Po ofensywie duńskiej, w 1168 r. powstało księstwo rugijskie jako lenno Danii. W księstwie panowała słowiańska dynastia Wisławiców. Po jej wygaśnięciu w 1325 r. księstwo przeszło we władanie pomorskich Gryfitów.
W XV w. powstały tu pierwsze nadbałtyckie uniwersytety: w 1419 najstarszy uniwersytet Meklemburgii w Rostocku, a w 1456 najstarszy uniwersytet Pomorza w Greifswaldzie.