Świątynia pozostawała czynna do 1964 r., gdy w ramach rządowej kampanii zamykania cerkwi w całym Związku Radzieckim została zamknięta. Parafia kontynuowała działalność, korzystając z cmentarnej cerkwi św. Aleksandra Newskiego. Cerkiew św. Marii Magdaleny została przywrócona do użytku liturgicznego po 1990 r. W parafii doszło wówczas do podziału na zwolenników zachowania dotychczasowej jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego oraz przejścia do Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego, podlegającego patriarsze Konstantynopola, co stanowiłoby przywrócenie stanu rzeczy z międzywojennej niepodległej Estonii. Ostatecznie zwolennicy Patriarchatu Konstantynopolitańskiego przejęli cerkiew św. Marii Magdaleny, podczas gdy druga grupa parafian erygowała odrębną placówkę duszpasterską przy cerkwi św. Aleksandra Newskiegometropolita Korneliusz i inni, Prawosławnyje..., s. 54..
Związani z cerkwią W szkole parafialnej przy cerkwi św. Marii Magdaleny uczył się estoński kompozytor Cyrillus Kreek, który był też przez pewien czas regentem chóru cerkiewnego w świątyni. W 1900 r. psalmistą w cerkwi był Herman Aav, późniejszy arcybiskup Kuopio i całej FinlandiiГЕРМАН. Proboszczem miejscowej parafii w latach 1948–1951 był ks.