Instytut Wijngaardsa na rzecz badań katolickich Od roku 2005 John Wijngaards skoncentrował się także na innych kwestiach wymagających reform w Kościele katolickim. Stworzył duszpasterską stronę internetową, która rozprawia się z kodeksem dotyczącym seksualnościhttps://www.thebodyissacred.org. Udzielane są tam porady dotyczące kwestii począwszy od masturbacji do homoseksualizmu.. Zainicjował Deklarację katolickich uczonych w sprawie władzy w Kościele, która uzyskała międzynarodowe wsparciehttps://www.churchauthority.org. The Tablet, 13 października 2012; The Irish Times, 19 lutego 2013; 'Teologos: Nuevo Papa debe democratizar mas a la Iglesia’ w Mexican News Forum, 5 marca 2013; Clerical Whispers UK, luty 2013.. Jego Centrum zostało przekształcone w Wijngaards Institute for Catholic Research. Jego głównym celem jest publikowanie niezależnych katolickich opracowań naukowych jako progresywnego teologicznego think tankuThe Washington Post, 4 października 2014; The UK Independent, 5 października 2014;