W 1827 roku były tu 3 domy i 46 mieszkańców. Pod koniec XIX i na początku XX wieku istniał tu folwark Szałtupie i (kilometr na południowy zachód) wieś Szałtupie Nowe. W 1884 roku Szałtupie, wraz z osadą młyńską Czudyszki liczyły 602 morgi, w tym grunty orne i ogrody 392 morgi, łąki – 160, pastwiska – 25 i nieużytki – 25 mórg. W folwarku były 2 budynki murowane i 35 drewnianych. Działały tu młyn wodny i cegielnia. Do wsi Szałtupie Nowe należało 60 mórg. W 1890 roku w folwarku było 10 domów i 169 mieszkańców. We wsi mieszkały 104 osoby.
Po III rozbiorze Polski w 1795 roku dobra Szałtupie, wcześniej wchodzące w skład województwa trockiego Rzeczypospolitej znalazły się na terenie powiatu mariampolskiego, który od 1795 do 1807 roku należał do departamentu białostockiego pruskiej prowincji Prusy Nowowschodnie, następnie był w departamencie łomżyńskim Księstwa Warszawskiego, potem, od 1816 roku w Królestwie Kongresowym, w województwie augustowskim, następnie (od 1837 roku) w guberni augustowskiej. W 1867 roku wszedł w skład guberni suwalskiej. Szałtupie należało do gminy Pogiermoń (obecnie lit. Pagirmuonys) i parafii Preny.