Więzienie Twierdza została ponownie przyłączona do Rosji przez Piotra Wielkiego podczas wojny północnej w 1702 r., szturmem i zdobyciem twierdzy dowodził Boris Szeriemietjew. Miastu Szlisselburg nadano obecną nazwę, oznaczającą „miasto-klucz” (w domyśle: do Szwecji). Twierdza została ponownie zmodernizowana, wzniesiono nowe bastiony i mury. W Twierdzy Szlisselburskiej przetrzymywany był obalony car Iwan VI, ostatecznie też w twierdzy został zamordowany w 1764 r.Heller M.: Historia Imperium Rosyjskiego. Warszawa: Książka i Wiedza, 2009, s. 423. . mały|Sekretny dom (stare więzienie) Następnie w fortecy umieszczono więzienie stanu, zaś w 1798 r. zbudowano na jej terenie tzw. sekretny dom. W 1907 r. w twierdzy mieściło się centralne więzienie katorżnicze. Więzienie w Twierdzy Szlisselburskiej zyskało sławę jednego z najcięższych w Imperium Rosyjskim.