Muzeum W 1928 r. w Twierdzy Szlisselburskiej otwarta została filia Muzeum Rewolucji Październikowej, która istniała przez jedenaście lat – w 1939 r. placówkę zamknięto, a eksponaty zostały przewiezione do Leningradu. Podczas II wojny światowej armia radziecka obroniła twierdzę przed atakami niemieckimi. Wskutek ostrzałów artylerii znaczna część zabytkowej fortecy została zniszczona. Walka o twierdzę trwała od 8 września 1941 r. przez 498 dni, fortecy bronił garnizon liczący 300–500 osób; miasto Szlisselburg było okupowane przez Niemców.
W 1956 r. Twierdza Szlisselburska ponownie została zaadaptowana na cele muzealne, jako filia Państwowego Muzeum Historii Leningradu (następnie Muzeum Historii Petersburga). Odrestaurowano wówczas budynki starego i nowego więzienia, część murów i baszt twierdzy, poddano konserwacji ruiny fortecznego soboru Narodzenia św. Jana Chrzciciela, zniszczonego podczas II wojny światowej. W dawnych budynkach więzienia znajduje się ekspozycja poświęcona przetrzymywanym w nim w XIX–XX w. więźniom politycznym. Muzeum w twierdzy, czynne od maja do października, co roku odwiedza ok. 90 tys. turystów.