Ufundowanie San Salvatore jako kościoła pogrzebowego odzwierciedlało ówczesną pozycję Pawii jako stolicy królestwa Longobardów; w latach 569–774 założono wewnątrz murów miejskich co najmniej 21 kościołów i klasztorów, z których 8 było fundacjami królewskimi. Kościół, nierozerwalnie związany z monarchią longobardzką, w epoce karolińskiej stopniowo tracił na znaczeniu. W tym czasie miejscem pochowków królewskich stał się Mediolan, ulubione miasto Karola Wielkiego, wymienione w jego testamencie jako jedna z trzech głównych siedzib biskupich w jego imperium. W 924 roku na Pawię najechali Węgrzy, a zakonnicy, ze względów bezpieczeństwa, zmuszeni byli opuścić klasztor. Około 962 roku cesarzowa Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Adelajda Burgundzka postanowiła odbudować kościół i klasztor, osadzając w tym ostatnim benedyktynów i powierzając sprawy organizacyjne Majolowi, opatowi z Cluny. Dwie bulle papieża Jana XIII oraz różne przywileje, wydane przez Adelajdę i jej następców, Ottona II i Ottona III wyznaczyły nową strukturę instytucjonalną i własnościową klasztoru, które stały się podstawą jego potęgi gospodarczej między XI a XII wiekiem. Kolejne przywileje oraz liczne posiadłości gwarantowały klasztorowi dobrobyt nawet w okresie trudności między XIV a XV wiekiem.