Zachowały się tam także lasy łęgowe z okazami starych olch, wiązów, wierzb jesionów i lip drobnolistnych, lasy te są unikalne w skali całego Mazowsza. Zbiorowiska leśne zajmują ok. 70% rezerwatu. W większości stanowią naturalne drzewostany: łęgi wiązowo-jesionowe, łęgi wierzbowe i topolowe. W południowej części obszaru występuje ols porzeczkowy, w północno-wschodniej części rezerwatu, z łęgami sąsiadują zbiorowiska grądowe. Na krańcach doliny, po obu stronach, są głównie mieszane bory, w których runie obecny jest widłak goździsty. Nad rzeką Długą znajdują się lasy, gdzie w piętrze krzewów przeważa kruszyna pospolita, występuje również leszczyna pospolita, porzeczka czerwona, czeremcha zwyczajna, kalina koralowa. Występują tam również pnącza kielisznika zaroślowego, chmielu oraz kolczurki klapowanej. Pozostały teren porastają czyżnie i zarośla łozowe. Wzdłuż koryta rzeki obecne są zbiorowiska otwarte: trzcinowe, mannowe, szuwary wielkoturzycowe, ziołorośla, są też niewielkie połacie zarastających łąk, na których występuje rzadki czarcikęsik Kluka, który wpisany jest do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin a także kukułka szerokolistna.