Jego debiut odbył się 4 lipca 1972 roku na torze Aqueduct Racetrack, gdzie startował jako faworyt. Koń o imieniu Quebec na starcie wpadł na Secretariata, blokując mu drogę i popychając na konia obok. Dosiadający go wówczas Paul Feliciano powiedział, że Secretariat upadłby, gdyby nie był tak silny. W wyniku incydentu na starcie spadł na dziesiąte miejsce, jednak później odzyskał rytm, przedarł się do przodu i ukończył wyścig na czwartym miejscu, jedynie 1 1⁄4 długości za zwycięzcą. Jedenaście dni później znów wystartował, z tym samym dżokejem na grzbiecie. Pomimo słabego startu, Secretariat wygrał o 6 długości. Podczas kolejnego wyścigu, gonitwy Allowance, która odbyła 31 lipca, dosiadł go Ron Turcotte. Był on regularnym dżokejem koni z Meadow Stable, jednak nie mógł dosiąść Secretariata na jego dwóch pierwszych wyścigach, ponieważ był w trakcie leczenia się po upadku z konia. W sierpniu wystartował w Sanford Stakes. Został przyblokowany przez inne konie, ale udało mu się przedrzeć do przodu i wygrać o 3 długości. Dziesięć dni później wygrał Hopeful Stakes z przewagą 5 długości. W październiku wygrał Belmont Futurity o 1 i 1/2 długości. W październiku pobiegł w Champagne Stakes jako faworyt. Dobiegł do celownika pierwszy, z przewagą 2 długości, ale został zdyskwalifikowany na drugie miejsce za wpadnięcie na konia Stop the Music.