Nie wierzę. Niemożliwe. Ale ja to widziałem. Nie mogę oddychać. Wygrał o jedną szesnastą mili! Widziałem to. Muszę w to wierzyć”.
Dalsza kariera Trzy tygodnie później Secretariat zwyciężył w Arlington Invitational o 9 długości. Następnie pojechał na tor Saratoga, nazywany "Cmentarzem Czempionów", gdyż często wiele świetnych koni nagle odnosi tam porażki. Secretariat nie był wyjątkiem. Niespodziewanie przegrał Whitney Stakes, kończąc na drugim miejscu, tuż za koniem o imieniu Onion. Secretariat biegł wtedy z niską gorączką i biegunką, spowodowaną przez infekcję wirusową. Po tym wyścigu Penny Chenery powiedziała: „Wiedzieliśmy, że miał infekcję, ale zdecydowaliśmy, że jest wystarczająco silny, aby wygrać. Byliśmy w błędzie”. Secretariat źle wyglądał, stracił apetyt, wyglądał okropnie. Nie mógł pobiec w Travers Stakes. Pojechał do Belmont, gdzie miał odzyskać siły. Po czterech tygodniach doszedł do siebie. 15 września wygrał Marlboro Cup, ustanawiając rekord świata na tym dystansie. Na drugim miejscu dobiegł Riva Ridge, również należący do Meadow Stables. Dwa tygodnie później Riva Ridge miał pobiec w Woodward Stakes, ale ponieważ nie znosił błotnistego toru, zamiast niego pobiegł Secretariat, pomimo tego, że nie był do tego przygotowany – w tym czasie trenował do innej gonitwy na innej nawierzchni.