PHYLIP jest programem z prostym interfejsem korzystającym z wiersza poleceń. Programy w obrębie pakietu wywoływane są przez wpisanie ich nazwy do wiersza poleceń. Większość programów szuka danych w pliku o nazwie „infile”, jeśli go nie znajdą, program poprosi o wpisanie nazwy pliku do odczytu. Musi to być plik tekstowy w kompatybilnym formacie (np. format ASCII – bez specjalnego formatowania). Dane wyjściowe są zapisywane na plikach o nazwach „outfile” i „outtree”. Drzewa filogenetyczne w pliku „outtree” zapisywane są w formacie Newick. Niektóre programy do analizy sekwencji, jak na przykład ClustalW, mogą zapisywać pliki danych bezpośrednio w formacie PHYLIP.
Programy wchodzące w skład pakietu: protpars, dnapars, dnapenny, dnamove, dnacomp, dnaml, dnamlk, proml, promlk, restml, dnainvar, dnadist, protdist, restdist, seqboot, fitch, kitsch, neighbor, contml, contrast, gendist, pars, mix, penny, move, dollop, dolpenny, dolmove, clique, factor, drawgram, drawtree, consense, treedist, retree.
Przypisy
Kategoria:Oprogramowanie bioinformatyczne Kategoria:Filogenetyka