Działania Niemców spotkały się z biernym oporem wysiedlanej ludności oraz ze zbrojną reakcją polskiego ruchu oporu. Oddziały partyzanckie Batalionów Chłopskich, Armii Krajowej i Gwardii Ludowej usiłowały powstrzymać ekspedycje pacyfikacyjno-wysiedleńcze, atakowały niemieckie obiekty gospodarcze i komunikacyjne, a także przeprowadzały akcje odwetowe we wsiach zasiedlonych przez niemieckich kolonistów. Opór stawiany przez polską partyzantkę w połączeniu z trudną sytuacją wojsk niemieckich na froncie wschodnim zmusiły okupantów do przejściowego wstrzymania wysiedleń.
Pod koniec czerwca 1943 roku Niemcy wznowili operację wysiedleńczą; objęła ona w szczególności wsie w powiecie biłgorajskim. Wypędzaniu polskiej ludności towarzyszyły zakrojone na szeroką skalę akcje pacyfikacyjne i antypartyzanckie. Tego lata w ramach tzw. akcji „Werwolf” okupanci przeprowadzili egzekucje w 163 zamojskich wsiach, mordując około 1000 Polaków.
Przebieg pacyfikacji 2 lipca 1943 roku Niemcy rozpoczęli wysiedlanie Majdanu Starego. Wielu mieszkańców wywieziono wtedy na roboty przymusowe lub do obozu koncentracyjnego na Majdanku.