Ich syn Michał (1887–?) zmarł w wieku młodzieńczym, w związku z czym Marciniszki przeszły na jego siostrę Marię (1884–1933), która wyszła za swego kuzyna Zygmunta Kossakowskiego (1875–1941, wnuka wyżej wymienionego Ludwika). Ostatnim właścicielem Marciniszek był ich syn Szymon Kossakowski (1909–1944), żonaty z Zofią Chrapowicką (1907–?).
Po III rozbiorze Polski w 1795 roku Marciniszki, wcześniej wchodzące w skład województwa trockiego Rzeczypospolitej, znalazły się na terenie ujezdu kowieńskiego guberni litewskiej, wileńskiej, a następnie kowieńskiej Imperium Rosyjskiego. Od 1920 roku Marciniszki należą do Litwy, która w okresie 1940–1990, jako Litewska Socjalistyczna Republika Radziecka, wchodziła w skład ZSRR.
W 2001 roku wieś liczyła 41 mieszkańców, a w 2011 roku – 35.
Nieistniejący dwór Jan Mikołaj Kossakowski wzniósł tu modrzewiowy dwór pod koniec XVII wieku, który prawdopodobnie miał być jedynie oficyną. Jego wnuk Antoni w drugiej połowie XVIII wieku zgromadził budulec, aby wznieść murowaną siedzibę. Jednak gdy spłonął kościół w pobliskim Janowie, brat Antoniego, biskup Józef Kazimierz Kossakowski zużył budulec na odbudowę kościoła.