Bolsonaro deklaruje chęć zwiększenia wydatków na prace badawczo-rozwojowe do poziomu 2,5% PKB do końca kadencji w 2022 roku. Uważa, że większa część wydatków na badania i rozwój powinna być do dyspozycji ministerstwa obrony i iść na innowacje militarne. Jeden z jego doradców przygotowujących program w dziedzinie edukacji broni kreacjonizmu i uważa, że uczniowie „powinni wiedzieć, że Charles Darwin istniał, ale nie muszą się z nim zgadzać”.
Polityka zagraniczna thumb|Bolsonaro i Donald Trump w Waszyngtonie Jest zwolennikiem zwiększenia współpracy pomiędzy Brazylią a USA, wrogo odnosi się do Chin. Uważa, że Brazylia powinna przywiązywać mniejszą wagę do udziału w międzynarodowej organizacji handlowej Mercosur i raczej koncentrować się na porozumieniach bilateralnych. Jest zwolennikiem przeniesienia ambasady Brazylii w Izraelu do Jerozolimy (zob. Ustawa o ambasadzie w Jerozolimie).
Krytyka Dziennikarz Glenn Greenwald nazwał Bolsonaro „najbardziej mizoginistycznym, nienawistnym urzędnikiem świata demokratycznego". Brytyjski magazyn „The Economist” opisywał go jako „radykalnego", „religijnego nacjonalistę”, „prawicowego demagoga” i „apologetę dyktatorów”.